各种体育赛事是全世界人民所共享的快事。由于国际体育组织并不要求其成员必须是主权国家，近年来，台湾地区体育组织也多次申办或者承办国际比赛。
尤其作为承办地时，凡是进行较为圆满顺利的赛事，都与当地组织者严格履行对国际体育组织的承诺、按规章办赛有很大关系。但也曾发生多起球迷乱举旗帜的纠纷，给两岸关系添了不少堵。
那些年，体育赛事中的“台独”旗帜纷扰
2011年，台北市获得2017年第29届夏季世界大学生运动会主办权。近日，台湾yahoo奇摩网站报道，台北体育局竟称，2017年该市举办大运会时，将允许观众携带“台独”旗帜入场。消息一经曝出立即引起轩然大波，不过截至目前，台北市政府对此尚未做出官方回应。
去年11月，在台湾举行的世界十二强棒球锦标赛，台湾球迷为了应该帮“中华队”还是“台湾队”加油陷入纷争，一度引发激烈冲突，现场也有“台独社运团体”号召300名球迷进场，除了带了不少绿色“台独”旗帜外，还准备了两幅巨型布条写着中英文“台湾就是台湾，别说中华台北”，一开始挂在外野看台下方，但后来因担心影响全垒打的判决而移至看台最上方。在网络社交平台，也有人发起“正名”，要求大家不要再称“中华队”，而应该称“台湾队”。
世界十二强棒球锦标赛旗帜纷争
2010年10月，由台湾主办的第三届亚洲大学男篮锦标赛，在桃园的开南大学举行，在校园内，从停车场一路到球场内外，插满数百面“国旗”，中国大陆代表队巴士开到停车场就离去，直接退赛。
中国大陆代表队巴士开到停车场就离去，直接退赛
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赛场出现违反规定的情况，无论是代表团旗帜故意违规行为，还是球迷、观众所谓的自愿打出违规旗帜，当地体育组织和组委会都要受到惩罚。
1996年亚特兰大奥运会乒乓球女子单打决赛中，邓亚萍对中华台北的陈静。当发现有人打着台湾旗帜出现在看台后，中国代表团当即向组委会提出，要求美方予以制止。美方随后出动安保人员将旗帜没收，将打旗帜的人员驱逐出场，比赛才继续进行。
刚刚过去不久的6月2日，台湾足球代表队于2019亚洲杯资格附加赛的首回合比赛，在高雄体育场主场迎战柬埔寨。在当日比赛上，有球迷在球场内悬挂具政治性的“台湾独立”旗帜，亚洲足协根据规章第67条第1款第68条，针对球迷的行为向台湾足协判罚5000美元（约3万多人民币）罚款。
有球迷悬挂“台独”旗帜，台足协被罚3万多人民币
当时的巴勒斯坦籍竞赛官贾伯尔（Ali Jebril）赛后向亚足联回报挂旗帜事件，亚足联纪律委员会依据第六十七条第一款和第六十八条第一款，判罚中华足协约三万多人民币。受罚后中华足协除深感无奈外，也表示未来主场将禁止携带具有政治意味的标语和旗帜。
台湾足协表示，自2015年起主办的多项国际赛事，都有球迷在场内悬挂具政治性色彩之旗帜、标语、横额或其他宣传物品，而台湾足协亦多次遭主办有关球赛的赛会提醒指，主办赛事的协会有需要控管现场任何具侮辱性、宗教性、政治性的标语，而台湾足协已多次与市民进行沟通，但成效不彰，更遭到市民责难。