这是东京奥运会和残奥会第二次发布会徽，但由于上一次于去年7月发布的会徽涉嫌抄袭，因此组委会不得不重新进行了会徽的设计征集工作。
发布后仅一周就被指抄袭
去年7月24日，冬季奥组委就公布了2020年东京奥运会和残奥会会徽设计方案。会徽由日本设计师佐野研二郎设计，以简单几何图案组成“T”字形状。但仅仅一周之后的31日，就有媒体曝出，东京奥运会会徽与比利时列日剧场标志“极度相似”。
该剧场标记设计师的代理律师在当时就表示，尽管剧场标志并未进行商标注册，但奥运会徽可能侵犯了2013年公布的剧场标志版权，将立即致函国际奥委会(IOC)和东京奥运会组委会，要求停止使用奥运会徽，并且将向法院提起诉讼，由法庭“判断是否属于模仿”。
虽然会徽设计者佐野研二郎之后通过奥组委表示，“完全不知道被报道的海外作品，制作时并未参考(剧场标志)”。但随后，“问题会徽”再度曝出新的丑闻。据NHK等日本媒体报道，佐野研二郎在向奥组委提交的申请材料中，使用了一些未经授权的网络照片。佐野此前为日本三得利公司设计的产品也被曝涉嫌抄袭。
最终，东京奥组委于去年9月，由首相安倍晋三亲自发令取消采用日本设计师佐野研二郎设计的会徽。讽刺的是，佐野去年年底曾宣布将在今年4月回到担任教授的多摩美术大学执教。这也引来外界的批判：“已经有前科，应该彻底在美术、设计圈消失”，“这样没有职业精神和操守的人，没有资格育人”，“多摩大的学生也要步他后尘，当抄袭高手？！”
新方案采取公开征集
宣布废弃此前涉嫌抄袭的会徽后，东京奥组委也立即投入到新会徽的选择工作中。据日本媒体报道，因有批评意见指出，奥运会徽的评选过程过于封闭，所以新会徽进行了公开征集，最终收到超过14000件作品，并罕见地在最终决定前公开入围作品。
4月8日，2020年东京奥运会和残奥会组委会公布了官方会徽的4件最终候选作品。最终脱颖而出的4份备选方案分别是：以“方格花纹”为特点的作品A；“圆环”形状的作品B；以“风神雷神”为主题的作品C；以“牵牛花”为形象的作品D。
据报道，在之前的问卷调查结果中，人气最高的是“圆环”形状的作品B，以及以“牵牛花”为形象的作品D。
之后，东京奥组委通过网络及明信片进行意见征集，共收到超过4万份意见。会徽委员会的最终审查参考了这些意见后，由21名委员讨论后进行投票，这才选取出了最终的会徽中选方案——以“方格花纹”为特点的作品A。
为了避免再出现去年会徽涉嫌抄袭的尴尬，新会徽出台后，东京奥组委也表示，为防止抄袭，已进行商标调查及商标注册申请程序。